Истребленный тасманийский волк стал первым вымершим животным, у которого извлекли РНК
Изучение РНК животных, останки которых хранятся в музеях или покоятся в вечной мерзлоте, — сложная задача. В отличие от ДНК, она быстро распадается на более мелкие фрагменты. Но новое исследование ученых из Швеции и Норвегии может вдохнуть жизнь в эту область палеогеномики.
Чтобы извлечь РНК, ученые разработали специальный протокол, адаптировав методы, которые обычно применяют на более «свежих» образцах. В итоге они получили 81,9 миллиона и 223,6 миллиона фрагментов РНК из мышц и кожи тилацина соответственно. Удалив дубликаты и слишком короткие последовательности, авторы исследования идентифицировали полтора миллиона последовательностей РНК из мышечной ткани и 2,8 миллиона последовательностей РНК из кожи вымершего хищника.
Затем в образцах мышц обнаружили последовательности, соответствующие 236 генам, в том числе тем, что кодируют белки актин и титин: первый выступает одним из главных компонентов цитоскелета эукариотических клеток, а второй задействован в процессе сокращения поперечнополосатых мышц. В образцах кожи тилацина идентифицировали последовательности, соответствующие 270 генам, один из которых кодирует кератин — волокнистый структурный белок.
«Мы обнаружили изоформу микроРНК (класс коротких некодирующих РНК, осуществляющих регуляцию экспрессии генов. — Прим. ред.), специфичную для тилацина, которую ранее невозможно было подтвердить. Наконец, мы выявили следы РНК-содержащих вирусов. <…> Эти результаты имеют многообещающее значение для изучения молекул РНК множества других образцов из коллекций музеев и хранящихся в вечной мерзлоте», — подытожили исследователи.
